از آنجا که معمولاً در شهرهای بزرگ مجتهدین متعددی وجود داشتند، صدر اعظم‌ها و حتی خود شاه برای تحت سلطه در آوردن آن‌ها، گاه بین‌شان اختلاف انداخته و جانب یکی را می‌گرفتند.

سیر برخورد علما با حکام را می‌توان در نوشته‌های تاریخی و فقهی دید. آنچه در این ارتباط اهمیت دارد برخورداری علما از امتیازات معنوی و دینی و برخورداری حکام از امتیازات مادی و اقتصادی است.