متأسفانه بین اصحاب آیت‌الله بروجردی و گروهی از جوانان فدائیان اسلام، اختلافاتی پیدا شد و امثال شیخ علی لر و شیخ اسماعیل ملایری در مدرسه فیضیه با چوب و چماق به جان شهید سیدعبدالحسین واحدی و بقیه فدائیان اسلام افتادند و آن‌ها را بیرون کردند!