با اوج گرفتن تحرکات بهائیان، مبارزه با این فرقه در دستور کار روحانیت قرار گرفته و حوزه‌های علمیه و روحانیون در صف اول مبارزه با بهائیان قرار گرفتند. از این بین مبارزات آیت‌الله بروجردی در قالب مرجعیت شیعه از اهمیت بالایی برخوردار بود.

متأسفانه بین اصحاب آیت‌الله بروجردی و گروهی از جوانان فدائیان اسلام، اختلافاتی پیدا شد و امثال شیخ علی لر و شیخ اسماعیل ملایری در مدرسه فیضیه با چوب و چماق به جان شهید سیدعبدالحسین واحدی و بقیه فدائیان اسلام افتادند و آن‌ها را بیرون کردند!