با اوج گرفتن تحرکات بهائیان، مبارزه با این فرقه در دستور کار روحانیت قرار گرفته و حوزه‌های علمیه و روحانیون در صف اول مبارزه با بهائیان قرار گرفتند. از این بین مبارزات آیت‌الله بروجردی در قالب مرجعیت شیعه از اهمیت بالایی برخوردار بود.